Elektrownia przez parę lat funkcjonowała z drobnymi problemami, ale bez większych ekscesów, aż do 5 stycznia 1976 roku – to właśnie wtedy miało miejsce pierwszy niebezpieczne wydarzenie [10]. Podczas wymiany prętów paliwowych regulacja elektroniczna wskazywała, że połączenie jest szczelne, rzeczywistość niestety była inna. Śruba blokująca nie została prawidłowo zamontowana, warto zaznaczyć, że to kwestia błędu ludzkiego, a nie konstrukcji reaktora [20]. Korek pełniący rolę uszczelniania nie znajdował się w takiej pozycji w  jakiej powinien. Po wyłączeniu maszyny ładującej wskutek wysokiego ciśnienia chłodziwa został on wyrzucony z kanału paliwowego do hali reaktora, wraz z nim w przestrzeń wyleciał również pręt uranowy rozbijając się. Rezultatem tego wydarzenia było niekontrolowane uwolnienie się dwutlenku węgla do otoczenia. Jedynym rozwiązaniem problemu było zamknięcie kanału technologicznego z którego uchodził śmiercionośny gaz. Trzeba było zrobić to możliwie najszybciej – w sytuacji pozbawienia reaktora chłodziwa gwałtowny wzrost temperatury skutkowałby stopieniem rdzenia reaktora (tzw. awaria LOCA) co doprowadziłoby do tragedii. Zdawał sobie z tego sprawę Viliam Pačes, który bez chwili zawahania udał się do szatni, aby przyodziać kombinezon zabezpieczający oraz maskę tlenową po czym skierował się w stronę zagrożenia. Asekurowany przez dozymetrystę Milana Antolíka poruszając się pomiędzy dwutlenkiem węgla zdołał uszczelnić kanał. Cała akcja trwała paręnaście minut, jednak niestety te paręnaście minut wystarczyło, aby życie straciły dwie osoby – 57-letni Libor Benda i 52-letni Izidor Ferech. Nie zareagowali oni na alarm, a zgon nastąpił przez uduszenie [19]. Opisany incydent został sklasyfikowany na poziomie trzecim [11] w skali INES (ang. International Nuclear and Radiological Event Scale), czyli jako poważny incydent (dla porównania wydarzeniom z Czarnobyla czy Fukushimy przypisuje się możliwe najwyższy numer siódmy, opisywany jako wielka awaria) [12]. Działanie kierownika zmiany, Viliama Pačesa podczas wypadku można bez wątpienia ocenić jako akt heroizmu. Za swoje czyny wraz z towarzyszącym mu przyjacielem Milanem Antolíkiem zostali odznaczeni Krzyżem Milana Rastislava Štefánika III, jednak dopiero w 2008 roku. Wcześniej komunistyczny rząd Słowacji w skuteczny sposób tuszował całą sprawę [14].

Do drugiego i ostatniego wypadku doszło 22 lutego 1977 roku – wskutek błędu ludzkiego w jednym zespole paliwowym znalazł się żel krzemionkowy (pełnił on rolę pochłaniacza wilgoci podczas przechowywania paliwa jądrowego). Kiedy wadliwy element został załadowany do reaktora, znajdujący się w nim silikażel powstrzymał swobodny przepływ chłodziwa. Wynikiem tego zjawiska było uszkodzenie konstrukcji – ciężka woda dostała się do rurociągu obiegu pierwotnego, doprowadziło to do gwałtownego zwiększenia wilgotności co skorodowało płaszcz paliwowy. Nikt nie ucierpiał, jednak elektrownia A1 musiała na stałe zostać wycofana z użytku. Zniszczenia w konstrukcji uniemożliwiły dalsze funkcjonowanie. Wypadek sklasyfikowano na poziomie czwartym (awaria z lokalnymi skutkami) w skali INES [19]. W międzyczasie działania elektrowni jądrowej A1 trwały pracę nad stworzeniem elektrowni V1. Składała się ona z dwóch bloków, jednak zostały wyposażone w inny rodzaj reaktorów: VVER440 o konstrukcji V230 [21]. To model, który funkcjonował już wcześniej w paru miejscach na świecie. 24 kwietnia 1972 roku rozpoczęto budowę, a już 17 grudnia 1978 roku do sieci został przyłączony pierwszy blok, rozpoczęcie użytkowania drugiego nastąpiło 26 marca 1980 roku. W czasie pracy elektrowni V1 nie wystąpiły żadne niebezpieczne incydenty. Słowacy ciągle podnosili poziom bezpieczeństwa poprzez wdrażanie łącznie ponad 1300 udoskonaleń technologicznych na przestrzeni lat. Bloki Bohunice1 oraz Bohunice2 w czasie dwudziestoośmioletniej eksploatacji dostarczyły do sieci kolejno: 71,57 TWh oraz 76,96 TWh. Aktualnie w tym miejscu funkcjonuje elektrownia jądrowa V2, posiadająca dwa bloki wyposażone w reaktory VVER440 o konstrukcji V213. Jej budowę rozpoczęto 1 grudnia 1976 roku, natomiast pierwszy blok jądrowy (Bohunice3) został podłączony do sieci 8 lat później (20 sierpnia). 18 grudnia 1985 roku Bohunice4 również rozpoczął swoją pracę komercyjną. W 2024 roku łącznie dostarczyły do sieci elektroenergetycznej 6558,08 GWh, co stanowiło około 38% całej energii jądrowej kraju. Przez dotychczasową eksploatację wygenerowały 245,98 TWh energii elektrycznej. Zarówno właścicielem jak i operatorem elektrowni jądrowej V2 jest Slovenské elektrárne, a.s. [22].